Abstract:
Выявление механизма взаимодействия ферментов с лигандами в активном центре необходимо для эффективного поиска новых лекарственных средств и целенаправленного изменения существующих. В настоящей работе было проведено компьютерное моделирование реакции между производным пиридоксина и каталитической триадой активного центра ацетилхолинэстеразы для выяснения роли сайтов активного центра при взаимодействии с ингибитором. Изучено влияние на реакцию взаимодействия следующих сайтов активного центра: периферийный анионный сайт, анионный сайт, оксианионная дыра, омега-петля, ацильный карман. Моделирование проводилось в программе PC GAMESS методом АМ1, в качестве координаты реакции было выбрано расстояние между углеродом карбамоилированного фрагмента производного пиридоксина и кислородом гидроксильной группы аминокислотного остатка серина Ser203 каталитической триады, изменение координат происходило с шагом 0.2 Å. Наибольшее и наименьшее значения энергетических пиков равны 54.24 и 45.52 ккаль/моль соответственно. При моделировании контрольной реакции каталитической триады с производным пиридоксина без окружения энергетический пик составил 49.12 ккаль/моль. Полученные значения энергетических барьеров велики, что, возможно, связано с тем, что при моделировании реакции учитывалось влияние отдельных частей активного центра, а не всего фермента.
