ИССЛЕДОВАНИЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ ДНК С ЖИРНЫМИ КИСЛОТАМИ МЕТОДОМ МОЛЕКУЛЯРНОГО ДОКИНГА // Ученые записки КФУ. Естественные науки 2011 N1

Abstract

Методами молекулярного докинга показана высокая стабильность комплексов жирных кислот с двунитевой ДНК. Комплексообразование происходит с малой и большой бороздками ДНК, при этом связывание липидов с малой бороздкой более сильное, чем с большой бороздкой. Энергия взаимодействия жирных кислот с ДНК довольно велика (до двух десятков ккал/моль) и зависит как от числа двойных связей жирной кислоты, так и от нуклеотидного состава ДНК. Образование таких комплексов приводит к ослаблению водородных связей между нитями ДНК, что проявляется в увеличении длин этих связей. Оказалось, что величины энергий докинга, как и величины энергий связи, всех жирных кислот с АТ-богатыми олигонуклеотидами (В-форма ДНК) больше, чем энергия докинга с ГЦ-богатыми нуклеотидами (Z-форма ДНК). Результаты проведенных компьютерных экспериментов согласуются с гипотезой о том, что существующие в препаратах геномной ДНК прочносвязанные липиды, взаимодействующие с ней в зависимости от последовательности нуклеотидов, могут составлять новый информационный уровень геномной ДНК - «липидный код».