ДОКИНГ ПРОИЗВОДНЫХ ПИРИДОКСИНА В АКТИВНОМ ЦЕНТРЕ ХОЛИНЭСТЕРАЗ // Ученые записки КФУ. Естественные науки 2011 N3

Abstract

В работе был проведен молекулярный докинг производных пиридоксина в структурах различных холинэстераз мыши и человека. Исследованные производные пиридоксина отличались длиной радикального хвоста (до 11 атомов углерода). В качестве контроля использовали структуры применяемых в медицине ингибиторов ацетилхолинэстераз (АХЭ) калимина и прозерина. Докинг проводился в программе AutoDockTools. В результате вычислительных экспериментов с 204 различными комбинациями комплексов фермент - ингибитор были определены энергии сродства ингибиторов к холинэстеразам (ХЭ), которые колебались от 6 до 10 ккал/моль. Производные пиридоксина показали большую энергию сродства, чем контрольные ингибиторы. В случае АХЭ мыши наибольшая энергия сродства обнаружена для ингибиторов с длинным радикальным хвостом. В случае ХЭ человека прямой корреляции между длиной радикального хвоста ингибитора и энергией сродства не выявлено, более того, у ингибиторов с радикальным хвостом до двух углеродов энергия сродства выше, чем у остальных ингибиторов. Обнаружено, что значение энергии сродства ингибитора зависит от расположения его радикального хвоста в полости активного центра фермента.